złożony ekosystem mikroorganizmów w przewodzie pokarmowym, w jej składzie przeważają bakterie bezwzględnie beztlenowe (Bifidobacterium, Eubacterium, Bacteroides). W skład mikroflory jelitowej mogą wchodzić zarówno bakterie o korzystnym wpływie na zdrowie, jak i szkodliwym. Do bakterii, które korzystnie wpływają na zdrowie należą bakterie z rodzajów: Bifidobacterium, Lactobacillus.
Te bakterie występują w jelitach w przewadze, hamują one rozwój mikroorganizmów chorobotwórczych, prowadzą syntezę niektórych witamin, korzystnie wpływają na układ odpornościowy. Do szkoldliwie wpływających bakterii należą Clostridium, Veillonella, Staphylococcus, Proteus. Mikroflora jelit odgrywa ważną rolę w kształtowaniu odporności organizmu. Na skład mikroflory można wpływać między innymi poprzez codzienne spożywanie prebiotyków.
